長三角區域創新創業生態系統最大的特點是整體性強。長三角是以地域相連、人緣相親、文化相通、經濟相融的江浙滬三個省級行政區為載體的。這三個省級行政區在歷史上就有著密切的聯系和交往，具有共同的歷史地理文化傳統。長三角地區的創新創業生態系統特點可以總結為：種群分布呈現“大樹森林”模式，高度統一的文化氛圍為生態系統成長營造了和諧適宜的環境。
（一）種群分布呈現“種大樹，育森林”模式
在長三角區域創新系統中，這三個創新子系統各具特色和優勢，地位及作用因而不同。上海市創新子系統處于核心和主導地位，發揮著龍頭作用，具有引領和示范、集聚和輻射的功能。上海市創新子系統是長三角區域創新系統的核心子系統。上海市創新子系統的發展與完善，不僅影響到上海市自身發展與建設的未來，而且關系到長三角區域發展與建設的未來以及國家國際競爭力的提升。其戰略地位和意義不僅重要而且重大。上海市創新子系統的實力和水平，決定著長三角區域創新系統的實力和水平，是整個長三角區域的“大樹”。
以實力雄厚、生機勃勃的民營經濟為鮮明特色的浙江省創新子系統，以財大勢雄、活力四射的外資經濟為顯著優勢的江蘇省創新子系統，一為南翼，一為北翼，一方面積極承接輻射和轉移，另一方面主動融入和對接，從實際出發，發揮各自的特色和優勢，密切聯系，協調發展，共榮共贏。它們既承接一部分上海的輸出，又有獨立的成長機制，是長三角生態系統中的“森林”。
（二）生態系統環境具有共同的基因
上海文化、江蘇文化和浙江文化均屬于江南文化，基本特征非常相似，正所謂文化相通。這些相似的內容構成了長三角區域文化的基本特征。創新是長三角區域文化的核心、精髓和靈魂。長三角區域創新系統的創新環境具有高度的一致性，江浙滬三個省級行政區的法律、政策、體制、機制等無縫對接和貫通，創新創造創業創富的氛圍是共同的，基礎設施建設實現了高度一體化。
一方面，長三角區域文化的合作創新內涵影響了長三角區域各地各級政府官員隊伍尤其是主要負責官員。由他們協調聯動所主導的觀念創新、制度創新、體制創新和機制創新在合作創新文化方面獲得了充分、持續、永久的保障。其中，進一步解放思想，轉變觀念，深化行政管理體制改革，為整個區域提供全面的公共服務，大力推進長三角區域創新系統的建設，是一項非常重要的創新內容。
另一方面，長三角區域文化的合作創新內涵塑造著長三角區域高等院校、科研院所和研發機構的科技工作者的創新文化素養。由他們精誠合作所主導的智力支持、知識生產、科學原創、技術發明和研究開發在合作創新文化方面獲得了充分、持續、永久的保障。其中，打造一流的知識創新系統、技術創新系統，是一項非常重要的創新內容。當然，普及科技知識，弘揚科學精神，倡導素質教育，培養創新人才，提高全區的科學文化素養和水平，也是他們的一項創新使命。
同時，長三角區域文化的合作創新內涵塑造著長三角區域的創業者、職業經理人包括企業各級管理人員、企業家以及商業從業人員特別是商界精英的創業創富精神、企業家精神、商業精神及商業文明傳統。由他們跨區聯合所主導的技術創新、產品創新、工藝創新、市場創新、組織創新、業態創新和商業模式創新在合作創新文化方面獲得了充分、持續、永久的保障。其中，區域合作創新文化將促使企業加強與高校院所的密切合作，真正成為自主創新的核心主體，成為研發投入和產出的主力軍，成為研發成果商品化產業化進而創造巨額商業利潤的重要力量。
